Linux下sobEDA的使用和Multiwfn的安装

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一、安装前的准备

要使用sobEDA/sobEDAw脚本首先需要有dos2unix命令，所以先在机器上安装

二、Gaussian和Multiwfn的安装

sobEDA/sobEDAw仅需安装高斯16（G16 A.03及之后版本） 和Multiwfn（2023-Jun-25后版本） 就可以使用，还是比较的方便简单

1.Gaussian16的安装

本博客下已经有完整的安装流程（可以不用安装GV）

Linux下高斯安装教程Gaussian | Ywba's Blog

个人博客

https://www.ywba.top/article/a997f830-5403-4d9e-a2bf-72d7ff40c289

2.Multiwfn的安装

💡

Multiwfn是一款免费的强大的量子化学波函数分析程序，软件包可以直接进入官网中下载

进入官网后选择Download

Multiwfn

http://sobereva.com/multiwfn/

💡

这里选择Linux64bit noGUI版本进行下载关于普通版和noGUI版本的区别：普通版：具有完整的功能，但是安装时需要提前安装motif图形库 ，但安装此图形库需要有root权限 noGUI版本：缺点在于没法使用任何与图形有关的功能，如无法显示出图形界面、没法绘制各种曲线图/平面图/等值面图、做拓扑分析后无法直接可视化结果。但如果放到高性能Linux服务器上让Multiwfn跑一些高耗时的任务，不涉及图像显示的爱你工况下，也不会带来明显问题。本文的目的是使用sobEDA/sobEDAw脚本跑计算，所以不涉及图形界面，所以选择安装noGUI版本

在Linux下解压下载下来的软件包

解压后就需要设置一下Multiwfn的权限及环境变量

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前往Multiwfn 目录下编辑settings.ini 文件设置计算时并行核数找到nthreads 字段，修改后方的数字为自己CPU的核数

输入指令便可以查看环境变量是否设置成功，在终端界面输入Mu按TAB键补全指令，本文使用的是noGUI版本，所以补全后指令为Multiwfn_noGUI 回车即可得到下方界面

到此Multiwfn安装完成

三、sobEDA/sobEDAW的使用

首先下载sobEDA脚本文件

sobereva.com

http://sobereva.com/soft/sobEDA_tutorial.zip

解压脚本文件

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解压后的目录下存放着sobEDA.sh脚本和sobEDA.pdf文件。sh脚本是计算时会用到的，pdf文件中记录着该脚本的完整使用说明

sobEDA的使用方式非常简单 1.首先新建一个文件夹，根据需要计算的东西设置一个名字 2.将设置好的sobEDA.sh文件放入其中 3.将整个体系的结构保存为system.xyz并放入其中
4.在目录下创建fragment.txt，在里面定义各片段的原子序号、净电荷、自旋多重度
5.在当前目录下创建template.gjf，作为sobEDA.sh产生Gaussian输入文件的模板文件
6.检查文件是否没错，便可以运行脚本进行计算

本文采用软件包中HOH-NH3例子作为演示

核对文件结构